В программе есть форма, в ней можно настроить состав начислений, которые входят в средний заработок. Эта форма вызывается из раздела «Настройка».
Надо открыть справочник «Начисления». В нем при нажатии на кнопку 
откроется общая настройка по НДФЛ, среднему заработку и др.
В этой форме на закладках 
и 
производится настройка среднего заработка в 1С:ЗУП.